Parafia pw. św. Stanisława Kostki została utworzona decyzją bp Stefana Regmunta 1 sierpnia 2009 roku. Wydzielono ją z parafii pw. św. Brata Alberta oraz pw. Najświętszego Zbawiciela w Zielonej Górze. Jej siedzibą i kościołem parafialnym został dotychczasowy budynek kaplicy i Domu Parafialnego przy ul. Obywatelskiej 1. Jednocześnie z dniem 1 września 2009 roku utworzono przy parafii Diecezjalny Ośrodek Duszpasterstwa Dzieci i Młodzieży mianując ks. Roberta Patro jego dyrektorem.
Pierwszym proboszczem i organizatorem parafii został ks. Krzysztof Foryś, który od samego początku przystąpił do trudnych remontów budynku parafialnego. Dotychczasowy trzykondygnacyjny blok (dawny hotel robotniczy) otrzymał dwuspadowy dach i wieżę, a także została wykonana nowa elewacja. W ten sposób budynek otrzymał sakralny kształt i charakter.
W dniu 18 listopada 2011 roku bp Stefan Regmunt po raz pierwszy w dziejach parafii przeprowadził jej kanoniczna wizytację. Z ważniejszych wydarzeń należy także wspomnieć, że 18 września 2016 roku zainstalowano w kościele relikwie św. Stanisława Kostki otrzymane od ojców jezuitów z Rzymu.
W pomieszczeniach parafii swoją siedzibę znalazły: Diecezjalny Ośrodek Duszpasterstwa Dzieci i Młodzieży, Europejskie Centrum Wolontariatu, Diecezjalne Centrum „Światło-Życie”, Diecezjalny Ośrodek Katechumenatu oraz diecezjalne redakcje „Gościa Niedzielnego” i „Niedzieli”.
W styczniu 2019 roku rozpoczął się kompleksowy remont wnętrza kościoła i całego budynku parafialnego.
W skład naszej parafii wchodzą następujące ulice:
ul. Batorego (numery nieparzyste od 1 do 69 oraz parzyste od 2 do 116),
ul. Chemiczna,
ul. Dąbrowskiego (numery parzyste),
ul. Energetyków (numery parzyste),
ul. Harcerska,
ul. Jana z Kolna,
ul. Langiewicza,
ul. Ludowa,
ul. Naftowa,
ul. Obywatelska,
ul. Rajska,
ul. Zimna,
ul. Zjednoczenia (numery nieparzyste od 101 do końca).
Siedziba parafii znajduje się przy ul. Obywatelskiej 1. Parafia przynależy do dekanatu Zielona Góra – Ducha Świętego.
Proboszczowie parafii
Ks. Krzysztof Foryś, 1.08.2009 – 31.07.2015
Ks. Adrian Put, 1.08.2015 –
Powołania w parafii
Ks. Piotr Kamiński
Wizytacje kanoniczne
2011, bp Stefan Regmunt
2018, bp Paweł Socha
